Prawie każda dystrybucja Linuksa umożliwia ulokowanie programu rozruchowego (najczęściej LILO lub GRUB) w dwóch miejscach: w głównym rekordzie rozruchowym dysku (np. /dev/sda) lub na partycji systemowej (np. /dev/sda1). Jeśli Linux ma być jedynym systemem na dysku, to wtedy lepiej umieścić bootloader w MBR. Gdy jednak planujemy dodatkową instalację systemu Windows na tym samym dysku twardym, korzystniejszym rozwiązaniem będzie instalacja GRUB-a na partycji systemowej Linuksa. Zależności te wynikają bezpośrednio z organizacji procedur instalacyjnych systemów Windows, które każdorazowo modyfikują MBR dysku twardego.

Jeśli w trakcie instalowania Windows program rozruchowy Linuksa został skasowany, to jedyną metodą jego odzyskania będzie wystartowanie komputera z płyty instalacyjnej Linuksa. Zależnie od dystrybucji - uruchamiamy komputer w trybie rescue lub recovery. Po uzyskaniu dostępu do konsoli za pomocą polecenia grub-install przywracamy bootloader do głównego rekordu rozruchowego. W niektórych wypadkach czynność ta musi być poprzedzona zamontowaniem linuksowego systemu plików i użyciem narzędzia chroot - jeśli robimy to po raz pierwszy, zajmie nam ona z pewnością kilka minut.

W sytuacji gdy program rozruchowy Linuksa znajduje się na partycji systemowej (np. /dev/sda1), instalacja Windows "wyrządzi szkody" o wiele mniejsze - zmieniona wówczas zostanie flaga startowa partycji (np. na /dev/sda3) i zmodyfikowany MBR. Nie powoduje to jednak "utraty" GRUB-a, a jedynie jego czasową niedostępność. Podobnie jak poprzednio, uruchamiamy komputer z płyty instalacyjnej (w trybie rescue lub recovery), a następnie za pomocą narzędzia fdisk wyłączamy flagę rozruchową dla przykładowej partycji /dev/sda3 i włączamy ją ponownie dla /dev/sda1. Po uruchomieniu komputera GRUB będzie ponownie dostępny.